福建醫科大學的校徽上，中文校名是由書法家舒同手寫的，為他獨特的舒體。
校標圖案主體由字母「M」、蛇杖和阿拉伯數字「1937」等元素組合構成。
蛇杖的造型，形似DNA雙螺旋結構，代表現代醫學。
字母M取自漢語拼音「Mǐn（閩）」和英文「Medical（醫學）」首個字母，又像是打開的書籍，代表高等教育。
而整體造型就像是漢字「閩」，為福建的簡稱，代表了學校的所在地；1937則是創校年份。
