2001年1月2日，金門、馬祖通往福建的「小三通」首航。
2002年4月16日，金門至廈門定期班輪正式開通，每周二、五各往返一次。次日，廈門首次從金門按一般貿易方式直航進口產品。
2003年春運期間，廈金「小三通」航班增加到每周六天，同年4月擴大到七天。此後，廈金航班數量不斷增加，「小三通」由個案變成了通案。
2004年12月7日，福建居民經廈金「小三通」赴金門旅遊正式啟動。
2008年12月15日，兩岸海運直航、空運直航及直接通郵全面啟動，宣告兩岸「大三通」時代來臨，「小三通」客運量依然持續穩定增長。
2010年，廈金「小三通」航線邁入雙向行李託運服務的新階段，往返兩岸的旅客更輕鬆、便利。
2019年6月1日，金門與福建沿海地區直接往來的旅客人數累計突破2000萬人次。
2020年2月7日，台當局陸委會以「防疫」為由宣布自2月10日起暫停「小三通」客船服務。
