一九一六年底，進士出身又有留洋背景的蔡元培出任北京大學校長，此消息一經公布，《大公報》便發表《為大學校前途祝》，預言他「定能為教育界放一異彩」，此後十年蔡元培果然把一個八表同昏、烏煙瘴氣的舊式京師大學堂（當時學生帶聽差、打麻將、吃花酒、捧名角、逛八大胡同），變化成新文化運動的戰鬥堡壘，開出一種風氣，釀成一大潮流，影響至全國，獲益於後世。
蔡校長甫一上任，首先聘《新青年》主編陳獨秀為文科學長。陳獨秀為人圭角畢露，鋒芒逼人，與蔡先生風格絕異。西服革履的章士釗講授邏輯學，留美博士胡適講中國哲學史，衣着馬褂拖着辮子的辜鴻銘教授英詩，稱其為外國大雅小雅、國風離騷，贊助袁世凱稱帝的劉師培講授「三禮」、《尚書》和訓詁，精通音韻訓詁的黃侃講授《文選》，語出驚人的錢玄同講授音韻學，還有因寫通俗小說被人瞧不起的劉半農，戲曲專家吳梅。此外尚有許多名士，馬敘倫、沈兼士、朱希祖、沈尹默、陳漢章、陶孟和、李大釗等，一時人才濟濟。留德歸國的楊懷中（昌濟）應邀從湖南來京，授西洋倫理學史。梁漱溟當時二十多歲，既無留學背景，亦無舊學功底和著作問世，僅在《東方雜誌》發表了幾篇佛教哲學的文章，被破格聘為北大講師。開放女禁，允許女生入學，第一位入北大的女生王蘭，是王昆侖的姐姐，今天看來平常，當年卻是前衛，那時的北京，女人尚未被允許進戲院看戲，男女同校在當時的歐洲，也只有幾個最發達的北歐國家可以做到。
馮友蘭說，「若論新文化運動的起源，應該從一九一七年初蔡先生到北大當校長那一天算起。」這十年，北京的政權由軍閥把持，頑固腐敗的勢力如猛獸，但新思想的浪潮如洪水，蔡先生幽默地說，「可算洪水與猛獸的競爭」。如果沒有蔡先生的器局和卓識，就不會有各路英才的匯聚，若沒有這些英才，就不會有白話文運動、新文化運動、五四運動的興起。如羅家倫所言，「以一個大學來轉移一時代學術或社會的風氣，進而影響到整個國家的青年思想，恐怕要算蔡孑民時代的北京大學。」陶希聖和羅家倫同為當時北大在校學生，他也說，「這一風氣的改變，把當時北洋軍閥和政客的社會基礎給打壞了。」洪水到底是勝過了猛獸，林白水、邵飄萍、李大釗、史量才的遇害，並不能阻擋軍閥覆亡的命運。
在蔡元培的鼓勵下，北京大學成立了各種學會，少年中國學會、新潮社、馬克思學說研究會、新聞研究會、中國畫法研究會等。這些研究學會，經過種種努力和擴展，對未來中國產生了根本性的影響。蔡元培本人親自主持了進德會。北京大學學生多有成為棟樑之才者，傅斯年、羅家倫、顧頡剛、江紹原、俞平伯、馮友蘭、陶希聖、許德珩、段錫朋等等不勝枚舉。
後人多知蔡元培新舊資望備於一身，生逢其時，得到了施展，對於他「萃中土文教之精華於身內，泛西方哲思之蔓衍於物外」卻了解得少。
傅斯年說：「蔡先生實在代表兩種偉大的文化，一是中國傳統聖賢之修養，一是法蘭西革命中標揭自由平等博愛之理想。此兩種偉大文化，具其一已難，兼備尤不可。先生殁後，此兩種偉大文化在中國之寄象已亡矣。至於復古之論，歐化之談，皆皮毛渣滓，不足論也。」
蔣夢麟認為，「當中西文化交接之際，而先生應運而生，集兩大文化於一身，其量足以容之，其德足以化之，其學足以當之，其才足以擇之」。
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