提起牛頓，人們馬上會想到蘋果樹和萬有引力定律的故事，但該傳說已被證實是經過後人演繹，可他身為科學家的一些「反常」之舉，卻是鮮為人知的事實。
幾年前，蘇富比拍賣行出售了一份牛頓的手稿，其特別之處在於，手稿的邊角部分被火燒焦，是牛頓的獵犬跳到桌子上並打翻蠟燭所導致，但這並不影響內容的識別。手稿顯示，牛頓試圖解開隱藏在聖經中有關世界末日的密碼，並相信古代建築是關鍵，而埃及金字塔上的塗鴉，就是掌握解開這些深奧秘密的鑰匙。
據蘇富比手稿專家分析，牛頓研究金字塔始於一六八○年代，當時他的工作受到了學術對手、英國皇家學會成員羅伯特·胡克的批評，於是他遠離了劍橋大學，躲進林肯郡的伍爾索普莊園進行「自我流放」。在此期間，牛頓潛心鑽研金字塔建造者所使用的測量單位，他認為古埃及人很可能已經能夠測量地球，比如他嘗試通過大金字塔的腕尺（古時的長度單位），來驗證是否能夠測量出地球的周長。他也希望透過所羅門聖殿的建築和尺寸，來推測世界末日的時間，從而解開聖經的隱藏含義。
儘管牛頓的聲譽建立在他的數學、物理等科學成就之上，但對他來說，這些成就僅次於他在包括金字塔在內的煉金術和神學方面的「更偉大研究」。早在上世紀三十年代，一批相關主題的手稿陸續浮出水面，其中一些被包括牛頓的信徒約翰·凱恩斯等在內的經濟學家購買，他們形容牛頓是「最後的魔術師」。
這些手稿中有很多驚人之語，例如牛頓在對名醫生揚·範·赫爾蒙特的著作《來自瘟疫》所做的筆記中，提出用蟾蜍嘔吐物治療鼠疫。一六六五年和一六六六年倫敦爆發了鼠疫，造成十萬人死亡，牛頓作為劍橋三一學院的學生，親歷了大學因預防鼠疫而關閉。因此當牛頓於一六六七年回到劍橋後，便開始研究赫爾蒙特的著作。牛頓的筆記中提到，一名男子「觸摸瘟疫紙，立即感到針刺般的疼痛，食指出現瘟疫性潰瘍，兩天後死亡」的案例，以及他觀察到「要避開感染鼠疫的地方」等。但牛頓記錄的一些潛在療法，在今天看來不太可能被採用。比如他寫道：「最好是將一隻蟾蜍用腿懸在煙囱裏三天，讓牠吐出含有各種昆蟲的泥土，吐到一盤黃蠟上，直到死去。再將蟾蜍粉與嘔吐物和血清混合，製成錠劑，塗在患處，可驅除傳染病並排出毒素。」
在《基本天才：十大重要手稿》一書中提到，雖然牛頓享有盛譽，但這些手稿中的觀點太過離奇，從未被收錄到他的任何文集中，在他一七二七年去世後都由家族保管，直到十九世紀末被其後代捐贈給了劍橋三一學院。但劍橋也只保留了數學和科學部分，歸還了牛頓在煉金術、神學等方面爭議性著作。實際上，牛頓生前曾刻意對煉金術研究和異端宗教信仰保密，這並非擔心與自己的科學工作產生衝突，而是害怕非正統觀點會毀掉他的職業生涯。所以牛頓對煉金術和神學等晦澀分支的痴迷，在他去世二百年後才得以曝光，卻也揭示了這位幫助塑造現代世界的科學家的另一面。
到了一六八七年，伴隨着對金字塔等神學研究，牛頓出版了鞏固他作為科學家地位的《自然哲學的數學原理》，這部巨作是他數十年學術研究和思想的巔峰之作，概述了微積分、萬有引力以及運動定律，提供了人類對宇宙的新理解。但幾年後，牛頓嚴重崩潰，康復後當選為國會議員和英國皇家學會主席，並被任命為造幣廠廠長。
但就是牛頓在造幣廠任職的三十年間，讓他又有了科學家以外的另一個身份──奴隸制貿易受益者。英國作家納特·戴爾在近期出版的《李嘉圖的夢想》一書揭露，當時巴西的金礦企業被歐洲的殖民者所控制，而英國透過貿易源源不斷地把被黑奴開採的黃金運回國，其中大部分由皇家造幣廠兌換成貨幣。牛頓身為造幣廠的主人，既是奴隸制貿易的見證人，也是受益者，他個人年收入近三千五百英鎊（約為今天的一百二十六萬英鎊），直到他去世時都非常富有，這些財富充滿黑奴的血淚。劍橋大學歷史學家、《重力之後的生命》一書的作者帕特里夏·法拉也提及，牛頓投資的南海公司也是奴隸制貿易企業，他甚至還間接涉入了英國的殖民侵略，比如他委託東印度公司的官員在全球範圍內進行潮汐測量。如果從嚴格意義講，十八世紀初英國從事銀行和金融工作的每個人，事實上都與奴隸制貿易歷史密切相關。
在多部牛頓傳記中都提到，他是一個「易怒的人，總是喜歡爭吵」，常被人形容有些「神秘、神經質、報復心重、傲慢及偏執」，喜歡「將自己視為新的救世主，來拯救世界」。但正如法拉所說，牛頓是無可爭議的天才，卻也並非完人，他在思想上毫無疑問有着時代的局限性，包括他從奴隸制貿易中獲益，也與時代背景有關。雖然我們不能將今天的道德標準應用到生活在三四百年前的人身上，但也必須接受這樣一個事實：那些和他一樣安葬在西敏寺並享有盛譽的人，很多都參與了罪惡的奴隸制。
