《驚夢》是如今《牡丹亭》折子戲中最常演出者，也是全劇傳承較完整的一齣，是上本中的重中之重。這一齣的演出時長達三十九分鐘，刪減相對較少，但導演對其進行了大刀闊斧的改編，「只刪不改」實為空話。許多重要唱段改為了幕後崑歌大合唱，這種幫腔唱法是某些地方戲常見手法，用在《驚夢》這樣的重頭戲裏不僅令崑曲的雅緻大受破壞，也削弱了演員的表現力。伴奏中加入古箏亦值得商榷，崑笛原本的悠揚細膩被徹底打亂。說到伴奏樂器，再提一下《鬧殤》（舞台本一般作《離魂》）一齣中的重要曲目《集賢賓》。一般此曲以洞簫伴奏，將杜麗娘臨終的悲戚烘托得悽楚動人，令人潸然淚下；上崑全本換成了笛子伴奏，雖不算出格，但使得這首曲子的表現力大為削弱。
《尋夢》一齣是杜麗娘思春情深，勇敢追尋愛情夢境的重要戲碼，原文用二十支套曲充分細緻地展現了杜麗娘在夢醒後勇敢找尋夢跡時的思想變化，隱喻着她對愛情的執著追求，塑造了杜麗娘勇敢堅定的人物形象。可惜的是上崑全本僅保留了六支曲子，其中《嘉慶子》刪了最後一句；《尹令》刪了第一句，僅保留從「則道來生」開始的唱詞；《品令》刪了一半，從「捱過雕闌」開始變成幫腔大合唱，「好一會兒分明」開始才重新由杜麗娘演唱；《豆葉黃》僅保留一句，且變為念白，沒有保留演唱的內容；《江兒水》和開場的《懶畫眉》則基本演唱完整了。整齣戲演出時長僅十五分鐘左右。傳統演出基本沒有完整唱完《尋夢》的，但基本保留的曲目在十二支左右，這樣才能循序漸進地將杜麗娘的情緒變化表現出來，為後續劇情做好鋪墊。
《尋夢》一齣基本是杜麗娘一人的唱念，重在人物思想的展現，而無太多情節推進，如果演員未能將人物情緒步步展開，從而吸引觀眾注意力，則很容易讓「尋夢」變「入夢」。從這個角度來看，也許郭小男導演認為對其進行大刀闊斧的刪減是一種安全做法，把時間多留給熱鬧的戲碼。
當然相較《寫真》一齣，《驚夢》和《尋夢》至少還留有大致框架，《寫真》已經被刪減到莫名其妙的程度。這一齣是杜麗娘死前描畫真容的重頭戲，對於人物形象和後續劇情有重要塑造及鋪墊作用。上崑全本將這一齣從十一支曲子刪到只剩下兩支，時長縮短至十一分鐘。杜麗娘在作畫時的情緒轉變已根本來不及體現，急匆匆唱完刪減過的《雁過聲》和《傾杯序》後，便以對白草草結束。為了限定時長，卻又要存目做全本，到最後把戲都刪沒了，這已經屬於本末倒置。
整個上本看完，羅晨雪的杜麗娘形象都未能有效建立。反而有些無關緊要的插科打諢大段保留，一些對劇情邏輯有重要意義的旁支情節卻被刪除。《道覡》這齣石道姑的獨角戲倒演了足足五分鐘，時間這麼緊張的情況下這齣完全可以簡單交代一帶而過。青春版《牡丹亭》的處理高明不少，時長短，既保留了少許《千字文》內容，又不至於陷入低俗搞笑的境地。而第四十七齣《圍釋》中番將的戲分被徹底刪除，番將調戲楊婆令李全不忿的情節是李全楊婆接受杜寶勸降的重要動機之一。正是因為李全「一時風火性，大金家得知，這溜金王到有些欠穩」的顧慮，才令杜寶的勸降計奏效。這一段情節在青春版《牡丹亭》中完整保留，可見青春版的編劇們對湯顯祖原著有更深的認知和理解。
不過翻看一九九九年三十五齣版的視頻，本次全本的戲分取捨已較之前合理，至少沒有花大篇幅演《勸農》，而把《驚夢》中《皂羅袍》等重要唱段加快速度唱成快曲。
