河套香港園區位處香港北部河套地區，毗鄰落馬洲支綫口岸（連接深圳福田）及落馬洲口岸（連接深圳皇崗），佔地約87公頃，由西至東分兩期發展，首期面積由54萬平方米增至100萬平方米。
園區以功能區塊形式劃分，主要設有「生命健康科技區」、「人工智能與數據科學區」和「新科技與先進製造區」，這三個區塊聚焦的科技領域與《深圳園區規劃》提出要聚焦及推動的前沿科技領域產業相呼應，並與《香港創新科技發展藍圖》（《香港創科藍圖》）提出要着重發展的三大策略性優勢科技產業一脈相承。
園區另設產學研區、臨床試驗研究所、住宿、生活及休閒設施。
建築布局方面，河套香港園區第一期建築物的高度由西至東增加，建成樓宇的高度可由不高於約兩層高至約40層高，臨近深圳河河邊以及南邊綠化帶的建築物會較矮。河套香港園區公司又考慮引入自動駕駛運輸系統。
