一九二七年美國天主教會本篤會，在北京創立輔仁大學，倡議者是《大公報》的創辦人英斂之，英斂之一九二五年創辦了為天主教人員進修中國文史而設的輔仁社，大學之名來源於此。一九二六年英斂之去世，將自己的未竟之業託付陳垣。輔仁大學從創校之日起，直至一九五二年併入北師大，陳垣始終擔任校長。
輔仁大學的國文課，不隸屬中文系，由陳垣校長直接主持，所用教材由校長親自編選，內容多半為先秦歷史名篇，於學生的深造中國文史非常有益。他在家書中說，「教書可以教學相長，教國文尤其可以借此練習國文，於己有益，必有進步。」
一九一九年陳垣由燕京大學校長司徒雷登主持受洗入基督教，由於他長期擔任輔仁大學校長，常有人誤以為他是天主教徒，也有人誤以為他是回教徒，他著《中國佛教史籍概論》等佛教史學論著，與佛教業也結下不解之緣，署名自稱圓庵居士，與本字「援庵」同音，他所有宗教史研究文字，對於宗教教義，幾乎從不置評，他與多種宗教的複雜關係，非一語可以盡之。他曾明確說過，「我實為一宗教史研究者而已，不配稱為某某教徒也。」
陳垣是廣東新會人，字援庵，生於一八八○年，出身於藥商家庭，早年就讀於美國傳教士在廣州創辦的博濟醫學院，接受過現代西化的科學訓練。陳垣治史學之初，依據張之洞《書目答問》搜集材料研讀，一九一三年他以議員身份赴北京參加中華民國第一屆國會，從此定居北京。一九一七年著《元也里可溫教考》，開啟他的史學生涯，對於中國宗教史的研究，他作出了開拓性貢獻，和陳寅恪並稱「南北二陳」。《元西域人華化考》、《二十史朔閏表》、《中西回史日曆》、《史諱舉例》、《校勘學釋例》、《明季滇黔佛教考》、《中國佛教史籍概論》等，是他的主要學術著作。
王國維、陳寅恪、陳垣、湯用彤等人在中國西北輿地、中西交通、漢文宗教、佛教歷史、歷史文獻等方面能夠超越戴震、錢大昕這些乾嘉學派的大師，主要得益於西方漢學家如伯希和、斯坦因等人的研究所帶來的啟發，這些漢學家們真正作出貢獻的領域，其實不是漢學，而是中國人向來忽視的匈奴、鮮卑、突厥、回紇、契丹、女真、蒙古、滿洲等領域，其基本方法，是首先學習掌握這些少數民族的語言文字。陳垣在研究元史過程中，自學了蒙古文，湯用彤的佛教史研究，受益於他的梵文和巴利文。
作為史學界前輩，陳垣在北京生活了近一個甲子，加上此前在北京大學、燕京大學等地任教授，他培養出大批卓越的史學家，桃李滿天下。鄧廣銘、白壽彝、鄭天挺、韓儒林、方國瑜、史念海、柴德賡、臺靜農、姚從吾、馮承鈞、翁獨健、岑仲勉、周一良、啟功、周祖謨、劉乃和、單士元、蔡尚思、容肇祖等等皆出其門下。其中余遜（余嘉錫之子）、柴德賡、啟功、周祖謨，更被稱為「陳門四翰林」。曾在輔仁授課的名教授不可勝數，以劉盼遂、高步瀛、顧隨廣為今人所知。
在寫給子女的家書中他說，「《孟子》《論語》宜熟讀，文氣自暢；曾讀過之古文，亦宜常溫，此古文也。至於今文，吾極欲汝看一家好論說之報紙。天津有《大公報》，其社論極有法度。」作為一位終身從事教育工作的大學問家，他把寫字作文，視作一個人應該並能夠擁有的藝舟之雙楫。
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